Dès le XVIe siècle, les idées de la Réforme se répandent sur l’estuaire de la Loire et à Nantes en particulier qui occupe le premier rang des ports français jusqu’au milieu du XVIIIe siècle. La circulation maritime et la présence hollandaise ont contribué à l’implantation des protestants notamment autour du commerce du sel. L’estuaire de la Loire représente un enjeu stratégique qui oppose le puissant parti ultracatholique de la Ligue au protestant Henri de Navarre bien avant la signature de l’édit de pacification de 1598. À sa révocation, les protestants disparaissent mais se réinstallent à Nantes et dans sa région dès le milieu du XVIIIe siècle. C’est encore la Loire qui justifie pour l’essentiel leur retour. Et c’est à partir de son estuaire que se conjugue un « protestantisme portuaire », du XVIe au XXe siècles.