Même si son déroulement historique exact demeure une énigme, l’exclusion des communautés johanniques de la synagogue a été un accélérateur décisif dans la construction de leur identité croyante. Ce processus peut être décrit d’un double point de vue. Premièrement, il s’effectue à travers une transformation du rapport à la tradition juive. Si l’autorité de la Bible hébraïque n’est pas mise en question, en revanche, les marqueurs identitaires du judaïsme synagogal (le Temple, les prescriptions de pureté rituelle, l’observance du sabbat, la circoncision) sont l’objet d’une profonde réinterprétation, voire d’une abrogation. Deuxièmement, cette redéfinition du rapport à la tradition vétérotestamentaire-juive s’accompagne de l’apparition de nouveaux marqueurs identitaires que sont, par exemple, le baptême et l’eucharistie. À quoi il faut ajouter la naissance d’une école théologique et d’un corpus d’écrits ayant rang d’Écriture, d’une nouvelle définition de l’apostolat, de la création de nouvelles formes d’organisation ecclésiales.