La présidence du Comité directeur de la Société des Missions évangéliques de Paris que Marc Boegner assume de 1948 à 1968 ne résume pas son engagement au service de la mission, bien qu’elle se déroule à une période décisive de la vie de la Société, avec l’accession à l’autonomie ecclésiale des neuf champs de mission d’Afrique, de Madagascar et du Pacifique et son effacement comme Société issue du Réveil du XIX^e siècle. C’est à la charnière des XIX^e et XX^e siècles que la conscience missionnaire de Boegner est éveillée, sous l’influence de ses deux oncles, les pasteurs Tommy Fallot et Alfred Boegner ; le premier, auquel il succède dans la paroisse d’Aouste (Drôme) en 1904, est à la source de sa vocation pastorale et de sa découverte des prémices de la synodalisation du mouvement missionnaire ; le second, qui l’appelle en 1911 à la direction de l’École de formation des missionnaires de la Mission de Paris, façonne sa spiritualité. Marc Boegner entre au Comité en 1919 et, jusqu’en 1939, date à laquelle il en devient vice-président, il théorise deux sujets déterminants de son engagement : les liens structurels mission et unité des Églises et les rapports problématiques mission et colonisation. Parmi les événements qui éprouvent sa conscience missionnaire, sans toutefois l’affaiblir, son voyage à Madagascar à la suite de l’insurrection nationaliste de mars-avril 1947 : il découvre que leurs revendications indépendantistes doivent être accordées sans confusion à celles qui portent les Églises à revendiquer leur autonomie. Cette expérience le guidera dans les visites ultérieures rendues aux Églises auxquelles il vient, au nom de la Mission de Paris, octroyer l’autonomie.